橫濱市立大學附屬機構包括有木原生物學研究所、大學醫院、圖書館、學術信息中心、醫學信息中心。學校在研究方面采用了21世紀COE教學大綱，醫學系以細胞急性系統研究為基礎所進行的未來醫療創成研究，入選了日本教育部資金扶持計劃。橫濱市立大學是日本一所小規模精英大學，以招生數量少、入學嚴格著稱，歷屆畢業生在日本各界均得到了極高的評價。同時也是COE計劃、世界港口城市大學聯盟等著名組織的成員。

橫濱市立大學學校排名

2022QS世界大學排名橫濱市立大學排名第487位；

2022泰晤士高等教育世界大學排名橫濱市立大學排名第401-500位

2021QS世界大學排名橫濱市立大學排名第465位，全日本第15位。

2022泰晤士高等教育世界大學排名橫濱市立大學排名第601-800位。

2020QS世界大學排名，橫濱市立大學居世界第465位，日本第15位。也是此榜單中唯一進入世界500強的日本公立大學。

2020泰晤士高等教育世界大學排名中橫濱市立大學居第501-600位。日本第15位。

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