東京農工大學是一所小規模的單科大學，設有農學和工學兩個院系，教員僅三百余人（2021年數據）。東京農工大學還是最早接受中國公費留學生的日本大學，該校于光緒三十年為近代中國培養出第一個公費留日學生。東京農工大學僅設有11個本科專業，每年僅招收數百新生。根據2021QS排名，在象征學術能力的citations per faculty指標，東京農工大學位列日本第三，僅次于東京大學和東京工業大學，排名世界第225。

一、學部生

檢定費：17,000日元

入學金：282,000日元

授課費：535,800日元/年

3年次編入生檢定費30,000日元。

二、大學院生(不包括工學府產業技術專攻)

檢定費：30,000日元

入學金：282,000日元

授課費：535,800日元/年

三、大學院生(工學府產業技術專攻)

檢定費：30,000日元

入學金：282,000日元

授課費：572,400日元/年

四、研究生

檢定費：9,800日元

入學金：84,600日元

授課費：29,700日元/月

本校畢業者免除入學金，授課費為14,800日元/月。

五、科目等履修生

檢定費：9,800日元

入學金：282,00日元

授課費：14,800日元/學分

本校畢業者免除入學金，授課費為7,400日元/學分。

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